Tại Báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật, Chính phủ cho biết đối với điều kiện hoàn thuế, cơ quan soạn thảo đã bổ sung nội dung về đánh giá tác động, trong đó đã có báo cáo và tỷ lệ hồ sơ hoàn thuế theo quy định hiện hành. Việc bãi bỏ quy định này góp phần rút ngắn thời gian hoàn thuế cho doanh nghiệp, đảm bảo đúng trách nhiệm và quyền lợi riêng rẽ của bên mua và bên bán.

Đồng thời, Chính phủ nhìn nhận việc hoàn thuế sẽ thực hiện thống nhất theo quy định của Luật Quản lý thuế vừa được Quốc hội thông qua, đảm bảo hiệu quả, chặt chẽ.

Trước đó, tại Tờ tình về dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Chính phủ đã đề xuất lược bỏ quy định về điều kiện hoàn thuế: "Người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế". Quy định này được bổ sung năm 2024 nhằm phòng chống gian lận, nhưng lại dẫn đến tình trạng doanh nghiệp xuất khẩu bị chậm hoàn thuế do phải chờ xác định người bán đã kê khai, nộp thuế.

Sau một năm thực hiện, nhiều ý kiến cho rằng quy định này gây khó khăn và rủi ro cho doanh nghiệp hoàn thuế, bởi họ không có công cụ pháp lý hoặc kỹ thuật để kiểm tra tình trạng tuân thủ thuế của người bán. Cùng với đó, nhiều ý kiến cũng phản ánh quy định này chưa phù hợp với nguyên tắc chịu trách nhiệm độc lập của người mua và người bán.

Trong các phiên thảo luận ở Kỳ họp thứ 10, nhiều đại biểu đã bày tỏ đồng tình với đề xuất này của Chính phủ. Theo các đại biểu, quy định người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai nộp thuế một điểm nghẽn mang tính định tính và bất cập lớn trong thực tiễn, cần loại bỏ để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp.

"Việc bổ sung quy định yêu cầu bên bán đã kê khai nộp thuế giá trị gia tăng thì bên mua mới được hoàn thuế là không phù hợp với trách nhiệm giữa bên bán hàng và bên mua, vô hình trung gây khó khăn cho doanh nghiệp vì bên mua không thể xác minh hoặc không thể chứng minh được người bán đã kê khai nộp thuế hay chưa", Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng nêu tại phiên thảo luận ở Tổ 11 diễn ra ngày 8/12.

Ngoài ra, tại Báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật, Chính phủ cho biết với việc sửa đổi quy định về sản phẩm nông sản, cơ quan soạn thảo đã chỉnh sửa về mặt kỹ thuật soạn thảo, về cách thể hiện tại Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2016 đã được thực hiện ổn định qua nhiều năm.

Đối với việc sửa đổi quy định về phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu, Chính phủ nhìn nhận đây là nội dung chỉnh lý về mặt kỹ thuật soạn thảo để đảm bảo minh bạch chính sách, góp phần khuyến khích việc thu hồi, tái sử dụng phụ phẩm, phế phẩm của các sản phẩm nông nghiệp; tạo động lực thúc đẩy phát triển kinh tế tuần hoàn trong ngành nông nghiệp, qua đó góp phần giảm tác động tiêu cực đến môi trường.

Chính phủ cũng nêu rõ việc sửa đổi quy định về thức ăn chăn nuôi là để đảm bảo sự đồng bộ giữa các loại hàng hóa có cùng mục đích sử dụng như thức ăn chăn nuôi, dược liệu, đồng thời cũng đảm bảo công bằng giữa thức ăn chăn nuôi sản xuất trong nước và thức ăn chăn nuôi nhập khẩu. Từ đó tạo động lực giúp doanh nghiệp giảm giá bán để hỗ trợ cho người chăn nuôi.

Việc sửa đổi Luật lần này được đánh giá là cấp bách và cần thiết để kịp thời khắc phục hậu quả thiên tai, bão lũ, sớm khôi phục sản xuất kinh doanh, đặc biệt là trong lĩnh vực nông nghiệp, đồng thời tháo gỡ "điểm nghẽn" trong hoàn thuế giá trị gia tăng.