Chiều 26/11, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế giá trị gia tăng mới với 407/451 đại biểu có mặt tán thành, 36 vị không tán thành và 8 không biểu quyết.

Theo đó, Luật sẽ có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025, trừ trường hợp quy định về mức doanh thu của hộ, cá nhân kinh doanh thuộc đối tượng không chịu thuế tại khoản 25 Điều 5 Luật này và khoản 3 Điều này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2026. 

Trước đó, trình bày báo cáo giải trình, tiếp thu, chỉnh lý dự thảo Luật của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội (UBTVQH), Chủ nhiệm Uỷ ban Tài chính Ngân sách Lê Quang Mạnh cho biết, nhiều ý kiến thống nhất với đề xuất áp thuế suất 5% đối với phân bón.

Một số ý kiến đề nghị giữ như quy định hiện hành; có ý kiến đề nghị áp dụng thuế suất 0% hoặc 1%, 2%. Có ý kiến đề nghị đánh giá toàn diện tác động của quy định này đối với nông dân và sản xuất nông nghiệp, thuỷ sản. Có ý kiến lo ngại về khả năng doanh nghiệp trục lợi chính sách, nâng giá bán làm ảnh hưởng đến nông dân.

Về ý kiến đề xuất đưa phân bón vào diện áp dụng thuế suất giá trị gia tăng 0% (hoặc 1%, 2%), UBTVQH cho rằng, đúng như ý kiến của đại biểu Quốc hội, nếu quy định phân bón áp dụng thuế suất 0% thì sẽ bảo đảm lợi ích cho cả doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước và doanh nghiệp nhập khẩu vì đều sẽ được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào đã nộp và không phải nộp thuế giá trị gia tăng đầu ra.

Tuy nhiên, trong trường hợp này, hàng năm Nhà nước sẽ phải bỏ ra ngân sách để hoàn thuế cho các doanh nghiệp. Ngoài yếu tố bất cập đối với ngân sách Nhà nước, việc áp dụng thuế suất 0% đối với phân bón là trái với với nguyên tắc, thông lệ của thuế giá trị gia tăng là thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, không áp dụng với tiêu dùng trong nước.

"Việc áp dụng theo hướng này sẽ phá vỡ tính trung lập của chính sách thuế, tạo tiền lệ xấu và không công bằng với các ngành sản xuất khác", ông Mạnh nêu rõ. 

Theo giải trình của cơ quan soạn thảo, việc quy định thêm mức thuế suất 2 % sẽ phải kết cấu lại Luật Thuế giá trị gia tăng như thiết kế khoản riêng về mức thuế suất, bổ sung quy định hoàn thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp này.

Việc quy định thuế suất 1% hoặc 2% đối với phân bón cũng không phù hợp với mục tiêu cải cách thuế giá trị gia tăng là giảm bớt số lượng các mức thuế suất, không gia tăng số lượng các mức thuế suất so với quy định hiện hành như đã được giải trình với các đại biểu Quốc hội (ĐBQH).

Trên cơ sở ý kiến của ĐBQH, tại Báo cáo số 1035 ngày 28/10, UBTVQH đã giải trình, báo cáo về tác động đối với việc chuyển mặt hàng phân bón từ diện không chịu thuế sang diện chịu thuế suất 5%. Chính phủ cũng đã có công văn số 692 bổ sung giải trình và cung cấp số liệu minh chứng cụ thể.

Để thể hiện đúng quan điểm của Quốc hội trong việc xử lý vấn đề trên, ngày 26/11, Tổng Thư ký Quốc hội đã gửi xin ý kiến đại biểu Quốc hội về 2 phương án, một là áp thuế suất 5%, hai là giữ nguyên như quy định hiện hành.

Qua tổng hợp ý kiến cho thấy, 72,67% tổng số ĐBQH cho ý kiến tán thành với đề nghị của UBTVQH và Chính phủ theo hướng quy định thuế suất 5% đối với mặt hàng phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp, tàu khai thác thủy sản. Vì vậy, nội dung này được thể hiện tại khoản 2 Điều 9 của dự thảo Luật. 

Ngưỡng doanh thu không chịu thuế VAT là 200 triệu đồng/năm

Về đối tượng không chịu thuế, theo Chủ nhiệm Uỷ ban Tài chính Ngân sách, có ý kiến nhất trí với khoản 1 Điều 5 dự thảo Luật và cho rằng, việc cho phép không nộp thuế giá trị gia tăng (VAT) đầu ra nhưng lại được khấu trừ thuế VAT đầu vào là không đúng nguyên tắc của thuế VAT. Có ý kiến đề nghị giữ như dự thảo Luật Chính phủ trình Quốc hội tại Kỳ họp thứ 7.

Ngày 26/11, Tổng Thư ký Quốc hội đã gửi xin ý kiến ĐBQH về hai phương án xử lý vấn đề trên. Qua tổng hợp ý kiến cho thấy, 70,50% tổng số ĐBQH cho ý kiến tán thành với đề nghị của UBTVQH theo hướng bỏ quy định cho phép không nộp thuế VAT đầu ra nhưng lại được khấu trừ thuế VAT đầu vào đối với nông sản chưa chế biến hoặc sơ chế ở khâu thương mại… Vì thế, nội dung này đã được thể hiện tại Điều 5 của dự thảo Luật.

Có ý kiến đề nghị xem xét, nâng mức ngưỡng doanh thu không chịu thuế VAT lên trên mức 200 triệu; có ý kiến đề nghị mức trên dưới 300 triệu đồng hoặc 400 triệu đồng cho những năm tới.

"Về việc này, để bảo đảm mức tăng hợp lý của ngưỡng doanh thu không chịu thuế, tương đối phù hợp với tỷ lệ tăng GDP và CPI bình quân từ năm 2013 đến nay, dự thảo Luật quy định mức ngưỡng doanh thu 200 triệu đồng/năm như đã thể hiện trong dự thảo Luật", ông Mạnh nhấn mạnh.